Результаты трех лет реализации проекта

Проведен обзор состояния проблемы в опубликованной литературе: метод метабаркодинга в изучении сообществ микроорганизмов, в частности грибов торфяных почв, использование этого подхода для индикации и мониторинга нарушения экосистем, стандарты хранения и представления онлайн молекулярных данных об организмах и сообществах;
Организована молекулярная лаборатория (закуплено оборудование и подготовлены кадры) для секвенирования по Сэнгеру (секвенатор Applied Biosystems 3500) и секвенирования третьего поколения (секвенатор Nanopore MinION) и пробоподготовки ДНК для других задач. Разработаны методические указания по протоколам работы от выделения до секвенирования; апробированы протоколы обработки, анализа, хранения и представления онлайн данных полученных сиквенсов;
Начато систематическое секвенирование по Сэнгеру (баркодинг) образцов грибов коллекции Фунгария ЮГУ. Всего получено и загружены в базу данных коллекции около 1000 сиквенсов. Обработанные сиквенсы (около 300 штук) опубликованы на международных порталах молекулярных последовательностей GenBank, BOLD и GBIF. На основе полученных сиквенсов опубликованы статьи о сообществах грибов или новых находках и новых для науки видах (всего 9 статей в 2021-2024 гг);
Апробирован протокол полевой работы и выполнен отбор проб для последующего метабаркодинга сообществ грибов лесных и болотных экосистем, а также на загрязненных нефтепродуктами участках, половина образцов была отсеквенирована и обработана (всего 200 образцов), другая часть (включая образцы загрязненных почв) секвенируется и будет обработана в 2024 году (опубликовано 2 статьи по результатам баркодинга и метабаркодинга сообществ грибов);
Продолжено пополнение коллекции ваучерных образцов Фунгария ЮГУ, всего период 2021-2023 гг коллекция пополнилась на 1500 образцов, информация внесена в базу данных коллекции. Данные об образцах в коллекции дополнялись полученными сиквенсами и изображениями образцов в природе. База данных экспортируется на регулярной основе и публикуется через международный портал данных о биоразнообразии GBIF, открывая доступ к коллекции для международного научного сообщества. Продолжен обмен образцами как с коллекциями в России, так и за рубежом;
Продолжена оцифровка и мобилизация данных о находках грибов на территории Западной Сибири по опубликованной литературе для региона, краудсорсинговым данным, глобальной литературе о торфяных болотах в мире. Всего в общей сложности мобилизовано около 55 тысяч находок видов грибов, которые опубликованы в виде четырех наборов данных в GBIF и доступны для решения фундаментальных и прикладных задач;
Подготовлена и реализована в рамках летних школ программа повышения квалификации в области молекулярно-генетических методов изучения биоразнообразия (мероприятие реализовано на базе молодежной лаборатории ЮГУ, обучено около 50 человек – научных сотрудников и студентов ХМАО-Югры и из других регионов России);
На основе мобилизованных данных о биоразнообразии грибов в регионе, выполнена задача по заказу органов государственной власти: подготовлен список охраняемых видов и видовые очерки к переизданию Красной Книги ХМАО-Югры (разделы грибы и лишайники).

Last update 01.03.2024