Molecular laboratory publications

Publications

We thank a grant for organization of a new laboratory for young researchers at the Yugra State University as part of implementation of the National Project «Science and Universities».

Соглашение о предоставлении субсидии из федерального бюджета на финансовое обеспечение выполнения государственного задания на оказание государственных услуг (выполнение работ) (внутренний номер 075-ГЗ/X4144/854/4) №075-03-2021-072/4 от 29.09.2021 79-п 22.12.2020 «Разработка методики метагеномного анализа для экспресс-оценки воздействий на среду в условиях интенсивного недропользования».

Методические материалы

Филиппова НВ, Звягина ЕА, Дудка ВА, Рудыкина ЕА. 2023. Протоколы работы в молекулярно-генетической лаборатории ЮГУ: методические указания. Югорский государственный университет (скачать pdf)

Zvyagina EA, Filippova NV. 2024. Выделение, пробоподготовка и секвенирование тотальной ДНК грибов на Nanopore MinION. DOI: dx.doi.org/10.17504/protocols.io.kxygx3jwkg8j/v1

Filippova NV, Zvyagina EA. 2024. Загрузка сиквенсов в базу данных коллекции (Specify 7) и экспорт данных в GenBank и GBIF. DOI: dx.doi.org/10.17504/protocols.io.3byl4975jgo5/v1

Статьи в рецензируемых журналах

  • Kotkova V.M., Afonina O.M., Belyakov E.A., Bobokalonov K.A., Bolsun I.M., Davydov E.A., Doroshina G.Ya., Dyachenko A.P., Erokhina O.V., Filippova N.V., Genkal S.I., Golubkov V.V., Gorbunova I.A., Goskova S.M., Himelbrant D.E., Ivchenko T.G., Kapitonov V.I., Khetagurov Kh.M., Kipriyanova L.M., Makryi T.V., Maksimov A.I., Mongush Ch.B., Moroz E.L., Moseev D.S., Nikolayev I.А., Norkulov M.M., Notov A.A., Plikina N.V., Popova N.N., Romanov R.E., Safronova T.V., Shadrina S.N., Smirnova L.Ya., Smirnova M.A., Stepanchikova I.S., Storozhenko Yu.V., Tsurykau A.G., Vaishlya O.B., Vilk E.F., Vishnyakov V.S., Vlasenko A.V., Vlasenko V.A., Vorzheva V.V., Yakovchenko L.S. 2025. New cryptogamic records. 15. Novosti sistematiki nizshikh rastenii 59(1): [In ru] DOI: 10.31111/nsnr/2025.59.1.R1
  • Filippova N.V., Ageev D.V., Basov Yu.M., Bilous V.V., Bochkov D.A., Bolshakov S.Yu., Bushmakova G.N., Butunina E.A., Davydov E.A., Esengeldenova A.Yu., Filippov I.V., Filippova A.V., Gerasimov S.V., Kalinina L.B., Kinnunen J., Korepanov A.A., Korotkikh N.N., Kuzmin I.V., Kvashnin S.V., Mingalimova A.I., Nakonechnyi N.V., Nurkhanov R.N., Popov E.S., Potapov K.O., Rebriev Yu.A., Rezvyi A.S., Romanova S.R., Strus T.L., Sundström C., Svetasheva T.Yu., Tabone M., Tsarakhova S.G., Vasina A.L., Vlasenko A.V., Vlasenko V.A., Yakovchenko L.S., Yakovlev A.A., Zvyagina E.A. , 2022. Crowdsourcing fungal biodiversity: revision of iNaturalist observations in Northwestern Siberia // Nature Conservation Research, 7 (suppl. 1), https://dx.doi.org/10.24189/ncr.2022.023
  • Rebriev YA, Zvyagina EA, 2022. Scleroderma furfuraceum (Boletales, Agaricomycetes)—a new species from the Russian Far East // Phytotaxa, 555 (2), https://doi.org/10.11646/phytotaxa.555.2.5
  • Zvyagina EA, Sazanova NA, Bulyonkova TM, 2022. Suillus paluster and S. ochraceoroseus (Boletales) in North Asia // Mikology and phytopathology, 56 (5), https://doi.org/10.31857/S0026364822050129
  • Dudka, V.A., 2022. A new species Exobasidium nannfeldtii on Rhododendron tomentosum from Russia//Nova Hedwigia, 115 (1-2), https://doi.org/110.1127/nova_hedwigia/2022/0703
  • Miller A.N., Dirks A.C., Filippova N., Popov E. and Methven A.S., 2022. Studies in Gyromitra II: cryptic speciation in the Gyromitra gigas species complex; rediscovery of G. ussuriensis and G. americanigigas sp. nov. // Mycological progress, 21 (9), https://doi.org/10.1007/s11557-022-01832-x
  • Filippova N., Ganasevich G., Filippov I., Meshcheryakova A., Lapshina E. and Karpov D., 2022. Yugra State University Biological Collection (Khanty-Mansiysk, Russia): general and digitisation overview // Biodiversity Data Journal, 10, https://doi.org/110.3897/BDJ.10.e77669
  • Shumskaya, M., Filippova, N., Lorentzen, L. et al., 2022. Citizen science helps in the study of fungal diversity in New Jersey // Sci Data, 10 (10), https://doi.org/10.1038/s41597-022-01916-z
  • Stolyarova A.V., Neretina T.V., Zvyagina E.A., Fedotova A.V., Kondrashov A.S. and Bazykin G.A., 2022. Complex fitness landscape shapes variation in a hyperpolymorphic species // Elife, 11, https://doi.org/10.7554/eLife.76073
  • Mingalimova A.I., Urbanavichene I.N., 2022. New species to the lichen flora of Russia and Western Siberia from Yamalo-Nenets Autonomous Area // Botanicheskii Zhurnal, 107 (12), https://doi.org/10.31857/S0006813622120079
  • Filippova NV, Kosykh NP, Filippov IV, Mescheryakova AV, 2023. Annual growth and primary production of sphagnum in raised bog “Mukhrino” (four-years observation: 2019-2022) // Environmental dynamics and global climate change, 14/1, https://doi.org/10.18822/edgcc472141
  • Filippova N.V., Zvyagina E.A., Bolshakov S.Yu., Rudykina E.A., Dobrynina A.S., 2023. The diversity of larger fungi of peatlands: nine years of plot-based monitoring with barcoding of revealed species in a raised bog “Mukhrino”, West Siberia // Biodiversity Data Journal, 11: e105111, https://doi.org/10.3897/BDJ.11.e105111
  • Kotkova V. M., Afonina O. M., Androsova V. I., Belyakov E. A., Bersanova A. N., Biryukova O. V., Butunina E. A., Chesnokov S. V., Davydov D. A., Davydov E. A., Doroshina G. Ya., Dugarova O. D., Filippova N. V., Frolov I. V., Glazunov V. A., Gorbunova I. A., Himelbrant D. E., Ignatova E. A., Iliushin V. A., Kirtsideli I. Yu., Konoreva L. A., Kuznetsova O. I., Makryi T. V., Melekhin A. V., Mongush Ch. B., Nikolaenko S. A., Nikolaev N. S., Notov A. A., Popova N. N., Rodina O. A., Romanov R. E., Rudykina E. A., Ryzhkova P. Yu., Ryzhova E. M., Sambyla Ch. N., Shestakova A. A., Sonina A. V., Stepanchikova I. S., Stepanova V. A., Storozhenko Yu. V., Tarasova V. N., Tsurykau A. G., Tubanova D. Ya., Tugi E. V., Vilnet A. A., Vishnyakov V. S., Vlasenko A. V., Vlasenko V. A., Yakovchenko L. S., Zhdanov I. S., Zhuykov K. A., Zibzeev E. G., Zvyagina E. A., 2023. New cryptogamic records. 12 // Novosti sistematiki nizshikh rastenii, 57(2), https://doi.org/10.18822/edgcc472141
  • Dudka VA, 2023. The first record of Kordyana commelinae (Brachybasidiaceae, Exobasidiomycetes) on Commelina communis in the Russian Far East (Primorsky Krai) // Nova Hedwigia, 116: 3-4, https://doi.org/10.31111/nsnr/2023.57.2.R1
  • Kalinina L.B., Ageev D.V., Bulyonkova T.M., 2023. Hohenbuehelia filicina sp. nov., a new species of Hohenbuehelia from Southwestern Siberia, Russia // Phytotaxa, 600: 5, https://doi.org/10.11646/phytotaxa.600.5.2
  • Ageev DV, Bulyonkova TM, Zvyagina EA, Filippova NV, 2024. Hohenbuehelia incrustata sp. nov., a new species of Hohenbuehelia (Pleurotaceae, Agaricales) from Northwestern Siberia, Russia // Phytotaxa [submitted to the journal]
  • Lapshina ED, Filippov IV, Verevkina ED, Ganasevich GN, 2023-2024. Syntaxonomy of the Numto Nature Park vegetation (north taiga, Western Siberia):1.Vaccinio-Piceetea Br.-Bl. in Br.-Bl et al. 1939 // Botanica Pacifica. A journal of plant science and conservation, 13(1), https://doi.org/10.17581/bp.2023.13106
  • Filippova N, Zvyagina E, Rudykina EA, Ishmanov TF, Filippov IV, Bulyonkova TM, Dobrynina AS (2024) DNA-based occurrence dataset on peatland fungal communities studied by metabarcoding in north-western Siberia. Biodiversity Data Journal 12: e119851. https://doi.org/10.3897/BDJ.12.e119851
  • Kotkova V. M., Afonina O. M., Alverdiyeva S. M., Anissimova O. V., Bragin A. V., Cherenkova N. N., Davydov E. A., Dongak D. A.-S., Doroshina G. Ya., Efremov A. N., Filippova N. V., Gorbunova I. A., Himelbrant D. E., Kapitonov V. I., Korchikov E. S., Kurbatova L. E., Kuzmina E. Yu., Makarova O. L., Mongush Ch. B., Moroz E. L., Moseev D. S., Notov A. A., Novozhilov Yu. K., Plikina N. V., Popova N. N., Romanov R. E., Safronova T. V., Shadrina S. N., Shiryaeva O. S., Stepanchikova I. S., Storozhenko Yu. V., Tarasova V. N., Tsurykau A. G., Vaishlya O. B., Vishnyakov V. S., Vlasenko A. V., Vlasenko V. A., Yakovchenko L. S., Yarutich I. A., Zhamangara A. K., Zhuykov K. A., 2024. New cryptogamic records. 13. Novosti sistematiki nizshikh rastenii 58 (1): R1-R45. https://doi.org/10.31111/nsnr/2024.58.1.R1
  • Filippova N. V., Gorbunova I. A., 2024. Two species of Amanita (Basidiomycota) new to Russia from the South Siberia. Novosti sistematiki nizshikh rastenii 58 (1): F37-F46. https://doi.org/10.31111/nsnr/2024.58.1.F37
  • He M.-Q., B. Cao, F. Liu, T. Boekhout, T. T. Denchev, N. Schoutteten, C. M. Denchev, M. Kemler, S. P. Gorjón, D.Begerow, R. Valenzuela, N. Davoodian, T. Niskanen, A. Vizzini, S. A. Redhead, V. Ramírez-Cruz, V. Papp, V. A. Dudka, A. K. Dutta, R. García-Sandoval, X.-Z. Liu, T. Kijpornyongpan, A. Savchenko, L. Tedersoo, B. Theelen, L. Trierveiler-Pereira, F. Wu, J. C. Zamora, X.-Y. Zeng, L.-W. Zhou, S.-L. Liu, M. Ghobad-Nejhad, A. J. Giachini, G.-J. Li, M. Kakishima, I. Olariaga, D. Haelewaters, B. Sulistyo, J. Sugiyama, S. Svantesson, A. Yurkov, P. Alvarado, V. Antonín, A. F. da Silva, I. Druzhinina, T. B. Gibertoni, L. Guzmán-Dávalos, A. Justo, S. C. Karunarathna, M. C. A. Galappaththi, M. Toome-Heller, T. Hosoya, K. Liimatainen, R. Márquez, A. Mešić, J.-M. Moncalvo, L. G. Nagy, T. Varga, T. Orihara, T. Raymundo, I.Salcedo, A. G. S. Silva-Filho, Z. Tkalčec, F. Wartchow, C.-L. Zhao, T. Bau, Milay C.Hernández, A. Cortés-Pérez, C. Decock, R. De Lange, M.Weiß, N. Menolli Jr., R. H. Nilsson, Y.-G. Fan, A. Verbeken, Y. Gafforov, A. Meiras-Ottoni, R. L. M.-A., Nian-K. Zeng, Q. Wu, K. D. Hyde, P. M. Kirk, R.-L. Zhao, 2024. Phylogenomics, divergence times and notes of orders in Basidiomycota // Fungal Diversity, 126, https://doi.org/10.1007/s13225-024-00535-w
  • Hwang B.C., Giardina C.P., Adu-Bredu S. et al. (Filippova NV), 2024. The impact of insect herbivory on biogeochemical cycling in broadleaved forests varies with temperature // Nature Communications, 15, https://doi.org/10.1038/s41467-024-50245-9
  • Sarneel JM, et al (Filippova NV), 2024. Reading tea leaves worldwide: Decoupled drivers of initial litter decomposition mass‐loss rate and stabilization // Ecology letters, 27 (5), https://doi.org/10.1111/ele.14415
  • Filippova N, Zvyagina E, Rudykina EA, Ishmanov TF, Filippov IV, Bulyonkova TM, Dobrynina AS , 2024. DNA-based occurrence dataset on peatland fungal communities studied by metabarcoding in north-western Siberia // Biodiversity Data Journal, 12, https://doi.org/10.3897/BDJ.12.e119851
  • Filippova N. V., Gorbunova I. A., 2024. Two species of Amanita (Basidiomycota) new to Russia from the South Siberia // Novosti sistematiki nizshikh rastenii , 58 (1), https://doi.org/10.31111/nsnr/2024.58.1.F37
  • Kotkova V. M., Afonina O. M., Alverdiyeva S. M., Anissimova O. V., Bragin A. V., Cherenkova N. N., Davydov E. A., Dongak D. A.-S., Doroshina G. Ya., Efremov A. N., Filippova N. V., Gorbunova I. A., Himelbrant D. E., Kapitonov V. I., Korchikov E. S., Kurbatova L. E., Kuzmina E. Yu., Makarova O. L., Mongush Ch. B., Moroz E. L., Moseev D. S., Notov A. A., Novozhilov Yu. K., Plikina N. V., Popova N. N., Romanov R. E., Safronova T. V., Shadrina S. N., Shiryaeva O. S., Stepanchikova I. S., Storozhenko Yu. V., Tarasova V. N., Tsurykau A. G., Vaishlya O. B., Vishnyakov V. S., Vlasenko A. V., Vlasenko V. A., Yakovchenko L. S., Yarutich I. A., Zhamangara A. K., Zhuykov K. A., 2024. New cryptogamic records. 13. // Novosti sistematiki nizshikh rastenii , 58 (1), https://doi.org/10.31111/nsnr/2024.58.1.R1
  • Gorbunova IA, Filippova NV, 2024. Chlorophyllum sphaerosporum (Agaricales, Basidiomycota) – the second observation worldwide // Turczaninowia [sumbitted to the journal]
  • Rebriev Y, Bogacheva A, Bochkareva I, Bukharova N, Erofeeva E, Kapitonov V, Kochunova N, Malysheva E, Sazanova N, Shiryaev A, Zvyagina E, 2024. New species of macromycetes of regions of the Russian Far East. 5 // Микология и фитопатология [submitted to the journal]
  • Volobuev et al. (Filippova NV), 2024. New species of macromycetes of regions of the Russian Far East. 5 // Микология и фитопатология [submitted to the journal]
  • Zvyagina EA, Sazanova NA, 2024. Suillus kovalenkoi (Boletales, Agaricomycetes), a new Larix-associated species from North Asia // Phytotaxa [submitted to the journal]
  • Мингалимова АИ, Кузьмина ЕЮ, Урбонавичене ИН, 2024. Peltigera occidentalis (Ascomycota, Peltigeraceae) — первая находка для ХМАО (Западная Сибирь) // Ботанический журнал [в печати]

Тезисы и материалы конференций

  • Ишманов ТФ, Звягина ЕА, Рудыкина ЕА, Филиппов ИВ, Бульонкова ТМ, Добрынина АС, Филиппова НВ, 2024. Пайплайн для обработки данных метабаркодинга грибов природных сообществ // Биоинформатика регуляции и структуры геномов / системная биология: Четырнадцатая международная мультиконференция : Тез. докл. (Россия, Новосибирск, 5–10 авг. 2024 г.)
  • Рудыкина ЕА, Филиппова НВ, 2024. Начало ревизии разнообразия рода Cortinarius таежных лесов Западной Сибири // XXXI Всероссийская молодежная научная конференция «Актуальные проблемы биологии и экологии» (с элементами научной школы»), г. Сыктывкар, 18-22 марта 2024
  • Ишманов Т.Ф., 2024. Пайплайн обработки данных метагенома грибов верховых болот // Ломоносов 2024 (секция Микология и Альгология), г. Москва, 15-17 апреля 2024
  • Лутовинова В.А., 2024. Культивирование съедобных грибов в условиях Ханты-Мансийска // Ломоносов 2024 (секция Микология и Альгология), г. Москва, 15-17 апреля 2024
  • Рудыкина Е.А., 2024. К ревизии разнообразия рода Cortinarius средне-таежных лесов Западной Сибири // Ломоносов 2024 (секция Микология и Альгология), г. Москва, 15-17 апреля 2024
  • Добрынина АС, Филиппова НВ, 2024. Эксперимент со стандарнтым субстратом для изучения сообществ дереворазрушающих грибов (анализ методом метабаркодинга) // Молодёжная наука Севера = Youth Science of the North : сборник материалов I Международной научно-практической конференции (Ханты-Мансийск,12–13 декабря 2023): в 3 частях. Ч. 1. Ханты-Мансийск: Сектор редакционно-издательской работы ЮГУ.
  • Лутовинова ВА, Филиппова НВ, 2024. Культивирование съедобных грибов в условиях Ханты-Мансийска // Молодёжная наука Севера = Youth Science of the North : сборник материалов I Международной научно-практической конференции (Ханты-Мансийск,12–13 декабря 2023): в 3 частях. Ч. 1. Ханты-Мансийск: Сектор редакционно-издательской работы ЮГУ.
  • Попеску КВ, Филиппова НВ, 2024. Коллекция культур макромицетов верховых болот на базе Фунгария ЮГУ // Молодёжная наука Севера = Youth Science of the North : сборник материалов I Международной научно-практической конференции (Ханты-Мансийск,12–13 декабря 2023): в 3 частях. Ч. 1. Ханты-Мансийск: Сектор редакционно-издательской работы ЮГУ.
  • Светашева Т.Ю., Агеев Д.В., Бухарова Н.В., Волобуев С.В., Воронина Е.Ю., Горбунова И.А., Ерофеева Е.А., Звягина Е.А., Иванов А.И., Калинина Л.Б., Кияшко А.А., Коткова В.М., Кочунова Н.А., Морозова О.В., Паламарчук М.А., Переведенцева Л.Г. 16 , Попов Е.С., Потапов К.О., Ребриев Ю.А., Сазанова Н.А., Саркина И.С., Филиппова Н.В., Ширяев А.Г., Ширяева О.С., 2024. Формирование мониторингового списка видов грибов России: предварительный этап // Современная микология в России. Т. 10. Материалы международного микологического форума. М.: Национальная академия микологии, 2024. – 350с.
  • Филиппова Н.В. , 2024. Баркодинг коллекции Фунгария Югорского государственного университета // Современная микология в России. Т. 10. Материалы международного микологического форума. М.: Национальная академия микологии, 2024. – 350с.
  • Сазанова Н. А., Звягина Е. А., 2024. Суиллюсовые грибы Дальневосточного севера (на примере Магаданской области) // Современная микология в России. Т. 10. Материалы международного микологического форума. М.: Национальная академия микологии, 2024. – 350с.
  • Filippova NV, Zvyagina EA, Rudykina EA, Ishmanov TF, Filippov IV, 2024. Ten years of monitoring of larger fungi in taiga forests of Western Siberia complemented by metabarcoding data analysis // IMC 12
  • Filippova NV, 2024. Using Specify 6, 7 and Web Portal instruments for the North Siberian Biodiversity Data Platform // SPNHC & TDWG Joint Conference (Hybrid) «Enhancing Local Capacity, Elevating Global Standards.» Okinawa Convention Center 2-6 September 2024
  • Filippova NV, Zvyagina EA, Bolshakov SV, 2024. First usage of open data for the revision of the Red Data List in Northwestern Siberia // SPNHC & TDWG Joint Conference (Hybrid) «Enhancing Local Capacity, Elevating Global Standards.» Okinawa Convention Center 2-6 September 2024
  • Лапшина ЕД, Филиппова НВ и др, 2024. Международный полевой стационар Мухрино – полигон для изучения углеродного баланса: основные направления и результаты исследований // Западно-Сибирские торфяники и цикл углерода: прошлое и настоящее. Материалы Седьмого международного полевого симпозиума (Ханты-Мансийск, Белоярский 15 – 27 августа 2024 г.). Томск : Изд-во Томского государственного университета.
  • Филиппова НВ, Звягина ЕА, Ишманов ТФ, Филиппов ИВ, 2024. Сообщества грибов верховых болот: от классического наблюдения к анализу тотальной ДНК // Западно-Сибирские торфяники и цикл углерода: прошлое и настоящее. Материалы Седьмого международного полевого симпозиума (Ханты-Мансийск, Белоярский 15 – 27 августа 2024 г.). Томск : Изд-во Томского государственного университета.
  • Горбунова И.А., Филиппова Н.В., 2024. Новые местонахождения и необычная морфология плодовых тел редкого в Сибири вида Chrysomphalina chrysophylla // Материалы конференции в Красноуфимске .
  • Горбунова И.А., Филиппова Н.В., 2024. Новый вид Lactocollybia sp. в России из теплиц ЦСБС // Современная микология в России. Т. 10. Материалы международного микологического форума. М.: Национальная академия микологии, 2024. – 350с.

Last update: 21.10.2024