Наши курсы повышения квалификации

НАШИ КУРСЫ ПОВЫШЕНИЯ КВАЛИФИКАЦИИ

На базе Молодежной молекулярной лаборатории ЮГУ зарегистрированы и реализуются курсы повышения квалификации в области молекулярных методов:

  • (2022 г) Баркодинг в изучении и охране биоразнообразия Югры, 36 часов (pdf)
  • (2023 г) Летняя молекулярная школа для биологов Югры, 36 часов (pdf)
  • (действующая) Введение в молекулярные методы изучения биоразнообразия, 16 часов
  • (действующая) Молекулярные методы изучения биоразнообразия, 72 часа

Курсы проходят на базе лаборатории и полевых стационаров ЮГУ в индивидуальном порядке, в формате студенческих производственных практик или летних школ.

Наши лекторы и ассистенты практики

Филиппова Нина Владимировна, заведующая лабораторией
Звягина Елена Анатольевна, научный сотрудник
Дудка Василий Андреевич, научный сотрудник
Рудыкина Елена Александровна, инженер-исследователь
Лутовинова Виктория Алексеевна, лаборант
Мингалимова Александра Игоревна, научный сотрудник

ПРОГРАММА ПОВЫШЕНИЯ КВАЛИФИКАЦИИ
«Молекулярные методы в изучении биоразнообразия»
(16 / 72 часа)

1. Подготовительный этап к работе в молекулярной лаборатории (теория, 2 / 5 часов)

Общий план организации молекулярной лаборатории

Основные приборы и инструменты

Страница лаборатории с описанием приборов и реактивов 
Таблица с полным списком оборудования лаборатории (google spreadsheed)

Техника безопасности и предотвращения контаминации

Структура базы данных лабораторного журнала молекулярной лаборатории

Н. Филиппова (видео-презентация) Структура и работа в базе данных лабораторного журнала (ЖурЛаб) (часть 1, часть 2, часть 3)

2. Выделение ДНК (теория и практика, 2 / 10 часов)

Ввод данных об образцах в лабораторный журнал

Отбор проб образцов

Гомогенизация

Выделение ДНК с помощью китов для выделения

В. Дудка (видео-запись практики во время 1й молекулярной школы) Этап выделения ДНК с помощью кита Diatom

Теория о выделении ДНК

3. Постановка Полимеразной Цепной Реакции и электрофореза (2 / 10 часов)

Расчет и подготовка ПЦР смеси

Запуск амплификации

Подготовка и запуск системы электрофореза

О. Вайшля (видео-запись практики во время 1й молекулярной школы) Практикум по электрофорезу

Анализ результатов электрофореза

Ввод данных ПЦР этапа в лабораторный журнал

Теория о ПЦР

Е. Звягина (видео-запись лекции во время 1й молекулярной школы) Основы теории о полимеразной цепной реакции

4. Очистка продуктов ПЦР смеси, постановка и очистка продуктов секвенсовой ПЦР (2 / 10 часов)

Очистка продуктов ПЦР смеси

Расчет и подготовка секвенсовой ПЦР смеси

Запуск амплификации

Очистка продуктов секвенсовой ПЦР

С. Волобуев (видео-запись практики во время 1й молекулярной школы) Практика по очистке продуктов секвенсовой реакции с помощью набора DynaBeads

Ввод данных секвенсовой ПЦР в лабораторный журнал

Теория об очистке продуктов и секвенсовой ПЦР

5. Подготовка и запуск секвенатора (1 / 5 часов)

Подготовка образцов для запуска секвенатора

Запуск секвенатора

В. Дудка (видео-запись демонстрации во время 1й молекулярной школы) Теория и практика секвенирования на AB 3500

Получение данных секвенирования

Основы обслуживания секвенатора

В. Дудка (видео-презентация) Протокол работы и обслуживания секвенатора AB 3500 (часть 1, часть 2, часть 3)

Основы секвенирования

Основы бейсколлинга

Ввод данных секвенирования в лабораторный журнал

6. Обработка и первичный анализ полученных сиквенсов (2 / 10 часов)

Установка, запуск и знакомство с программным обеспечением (MEGA, CodonCodeAligner и пр.)

Обработка полученных сиквенсов в ПО (обрезание концов, расплетание гетерозиготных участков, создание консенсусной последовательности)

В. Дудка (видео-инструкция во время курса ПК в июле 2024) Первичный анализ и обработка сиквенсов в ПО MEGA (часть 1, часть 2)

Теория и практика поиска ближайшей последовательности с помощью алгоритма BLAST

В. Дудка (видео-запись практики во время 2й молекулярной школы) Поиск ближайшей последовательности в NCBI / BLAST (часть 1, часть 2)

Ввод данных бласта в лабораторный журнал

Н. Филиппова (видео-инструкция во время курса ПК в июле 2024) Первичный поиск в NCBI|BLAST и ввод данных в лабораторный журнал

Импорт сиквенсов в базу данных коллекции (в ИС Specify)

1) Н. Филиппова (видео-презентация) Загрузка сиквенсов в Specify
2) N. Filippova, E. Zvyagina. Загрузка сиквенсов в базу данных коллекции (Specify 7) и экспорт данных в GenBank и GBIF. Протокол работы на Protocols.io https://doi.org/10.17504/protocols.io.3byl4975jgo5/v1

Анализ новизны и планов дальнейшей работы с полученными сиквенсами

Знакомство с порталом молекулярных данных NCBI

С. Волобуев (видео-запись лекции во время 1й молекулярной школы) Работа и загрузка данных на портал NCBI|GenBank

7. Построение филогенетических деревьев (2 / 10 часов)

Установка, запуск и знакомство с программным обеспечением (MEGA, MAFFT, IQTree, FigTree, InSkape и пр.)

Подготовка набора данных сиквенсов к выравниванию

Выравнивание сиквенсов в ПО Mega, Mafft и др.

Е. Звягина (видео-запись практики во время 2й молекулярной школы) Выравнивание сиквенсов в ПО MEGA

Выбор модели и построение филогенетического дерева

Е. Звягина (видео-запись практики во время 2й молекулярной школы) Построение филогенетических деревьев (часть 1, часть 2)

Редактирование дизайна филогенетического дерева

Теория филогенетического анализа

1) С. Волобуев (видео-запись лекции во время 1й молекулярной школы) Молекулярная филогенетика и систематика 
2) В. Дудка (видео-запись лекции во время 2й молекулярной школы) Основы построения филогенетических деревьев (часть 1, часть 2)

8. Публикация данных сиквенсов на открытых порталах (2 / 10 часов)

Знакомство с порталами молекулярных данных GenBank, GBIF, BOLD, NCBI, UNITE

Загрузка последовательностей в GenBank

1) Н. Филиппова (видео-презентация) Загрузка сиквенсов в GenBank (часть 1, часть 2, часть 3)
2) С. Волобуев (видео-запись лекции во время 1й молекулярной школы) Работа и загрузка данных на портал NCBI|GenBank 
3) Е. Звягина (видео-запись практики во время 2й молекулярной школы) Загрузка последовательностей в GenBank
4) Е. Звягина (pdf инструкция) Пошаговая инструкция загрузки данных сиквенсов в GenBank (подготовлена к 2й молекулярной школе)
5) N. Filippova, E. Zvyagina. Загрузка сиквенсов в базу данных коллекции (Specify 7) и экспорт данных в GenBank и GBIF. Протокол работы на Protocols.io https://doi.org/10.17504/protocols.io.3byl4975jgo5/v1

Загрузка последовательностей в GBIF

Н. Филиппова (видео-презентация) GBIF DNA extention

Загрузка последовательностей в BOLD

Н. Филиппова (видео-презентация) Загрузка данных в BOLD

Загрузка последовательностей в UNITE

Н. Филиппова (видео-презентация). Загрузка данных в PlutoF

9. Введение в метабаркодинг (1 / 2 часа)

Знакомство с секвенатором третьего поколения Nanopore MinION

Знакомство с протоколом пробоподготовки для секвенирования на Nanopore MinION

Первичный анализ данных метабаркодинга

Загрузка данных метабаркодинга на порталы NCBI (SRA), GBIF

1) Н. Филиппова (видео-инструкция) Загрузка исходных данных метабаркодинга в Sequence Reads Archive (SRA)
2) Н. Филиппова (видео-инструкция) Загрузка OTU таблицы в GBIF
3) N. Filippova et al. Peatland fungal communities studied by metabarcoding in north-western Siberia. SRA: Bioproject # PRJNA1007262 https://www.ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA1007262 (пример публикации архива сиквенсов метабаркодинга на портале SRA)
4) Filippova N, Zvyagina E, Ishmanov T (2024). DNA-based occurrence dataset on peatland fungal communities studied by metabarcoding in Northwestern Siberia. Version 1.10. Yugra State University Biological Collection (YSU BC). Occurrence dataset https://doi.org/10.15468/s2pkfk accessed via GBIF.org on 2024-07-19. (пример публикации набора данных OTU на портале GBIF)

ОСНОВНЫЕ СПРАВОЧНЫЕ МАТЕРИАЛЫ

  • Филиппова НВ, Звягина ЕА, Дудка ВА, Рудыкина ЕА. 2023. Протоколы работы в молекулярно-генетической лаборатории ЮГУ: методические указания. Югорский государственный университет (скачать pdf)
  • N. Filippova, E. Zvyagina. Загрузка сиквенсов в базу данных коллекции (Specify 7) и экспорт данных в GenBank и GBIF. Протокол работы на Protocols.io https://www.protocols.io/view/specify-7-genbank-gbif-3byl4975jgo5/v1
  • Звягина ЕА, Филиппова НВ. 2024. Выделение, пробоподготовка и секвенирование тотальной ДНК на Nanopore MinION. Протокол работы на Protocols.io (в подготовке)

УСЛОВИЯ ПРОХОЖДЕНИЯ КУРСОВ

Пройти курсы могут все желающие по предварительной договоренности с руководителем лаборатории

Особенностью наших курсов является возможность работы со своим материалом (10-50 образцов на секвенирование по договоренности)

Работа проходит в индивидуальном или групповом порядке по мере поступления заявок

Время прохождения курсов назначается по договоренности

Стоимость курсов:

  • Введение в молекулярные методы изучения биоразнообразия (16 часов) — 2 т.р.
  • Молекулярные методы изучения биоразнообразия (72 часа) — 30 т.р.

Для оформления Сертификата о прохождении необходимо подготовить пакет документов

  • Заявление (шаблон Заявления 16 часов, 72 часа)
  • Копия паспорта, СНИЛС, ИНН, диплома об образовании с приложением или справка с места учебы

Дата обновления: 19.07.2024